擁有一頭青色頭發(fā)的男主角名字將叫作深井 青(フカイ·アオ,這名字在日語中帶有“深青”的意義),是一名13歲少年。青的父親蘭頓·薩斯頓(Renton Thurston、レントン·サーストン)行蹤不明,而母親優(yōu)萊卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美軍帶走了。由于繼承了母親的特殊基因,使得他能夠看見人眼所不能看到的東西,如粒徑為20nm大小的光粒子,紅外線、紫外線等等(但在外太空這一特殊生理受到限制)。小時(shí)與診療所里的老醫(yī)生深井 敏夫一同生活,現(xiàn)正在Generation Blue(藍(lán)色世代)中。 女主角的名字將是阿拉塔·娜露,同樣是13歲,是與青一同成長的青梅竹馬。娜露因?yàn)橥陼r(shí)的事故而使擁有”ユタ”的力量(猶達(dá),是日本沖繩以占卜為職業(yè)的靈媒師的名稱)的眼睛醒覺。娜露有能夠聽懂珊瑚巖心聲的特異功能,這是因?yàn)樯汉鲙r的一部分在她體內(nèi)成長,從某種程度上來說她和珊瑚巖存在部分融合,但正是因?yàn)檫@樣,導(dǎo)致她自小身體虛弱,需要把氧氣放入在手上的吸氧器,現(xiàn)與父親、妹妹及祖母一同生活中。 本作的舞臺也設(shè)定在沖繩的磐戶島上,當(dāng)時(shí)的磐戶島正進(jìn)行著自治權(quán)回復(fù)運(yùn)動,但在某一天,在島上出現(xiàn)的珊瑚巖受到了宿敵白細(xì)胞G-Monster的攻擊,而為了保護(hù)磐戶島,男主角青與人型IFO(Intelligent Flying Object)相遇,并與G-Monster戰(zhàn)斗的故事就此展開。